DNA UITSLAGEN
Wat is een Embark test:
een DNA test via swab methode, zie hiernaast.
een DNA test via swab methode, zie hiernaast.
stukje geschreven over de DNA embark test door Marjoleine Roosendaal 2022. Zie hieronder
HET NUT VAN DE EMBARK TEST
Er zijn heel veel DNA-testen op de markt, over het algemeen bestemd voor één aandoening en voor één ras. Nieuw op gebied van DNA-tests voor (ras)honden is het testen op het gehele genoom; whole genome sequencing. Hierbij wordt elk stukje DNA ontrafeld en getest. Dit kan bij honden sinds 2005, toen werd voor het eerst het gehele DNA van één hond in kaart gebracht. Met deze waardevolle informatie weten wetenschappers nu hoe het genetische plaatje van de diersoort hond er uit ziet en kunnen heel veel erfelijke kenmerken gevonden worden met maar één test. Een van de laboratoria die zo’n soort test nu aanbiedt voor honden is het Amerikaanse bedrijf Embark
De “breeders kit” van Embark test met één swab wangslijmvlies op meer dan 200.000 markers. Een marker is een plek op het DNA waarvan we exact weten welke eigenschap daar ligt. Dit kan zijn het bepalen van de vachtkleur, de oorlengte, maar ook de aanleg voor een erfelijke ziekte. Op dit moment is er wereldwijd geen ander laboratorium dat zo breed test als Embark, wat hun test vooruitstrevend maakt voor de hondenfokkerij. Omdat er veel breder wordt getest, is de Embark-test ook niet te vergelijken met een enkele DNA test voor een ziekte of kenmerk, zoals we bijvoorbeeld kennen van de DNA test voor ziektes als von Willebrand of PRA. De Embark test omvat dat en nog veel meer.Gezondheid en genetica
De uitslag van de Embark-test geeft alle relevante informatie voor hondeneigenaren. Die uitslag is opgedeeld in drie categorieën: gezondheid, ras (en genetische afkomst, leer uit welk werelddeel het DNA van je hond oorspronkelijk komt!), en fysieke kenmerken. Onder fysieke kenmerken (traits) vallen alle kenmerken waar we op kunnen testen die niet te maken hebben met de gezondheid van de hond, zoals de vachtkleur, vachtlengte- en structuur, oogkleur en lichaamsbouw. Hoewel deze laatste categorie altijd leuk is om te weten -je kunt er bijvoorbeeld mee voorspellen of er (on)gewenste kleuren aanwezig zijn- is vooral de gezondheid belangrijk voor fokkers.
De Embark test bevat voor vrijwel alle rassen wel een of meerdere specifieke testen. Er wordt op meer dan 200 verschillende aandoeningen getest. Dit is een heel breed pakket waarvan natuurlijk niet alles bij alle rassen voorkomt. Toch kan het goed zijn om te weten wat je hond bij zich draagt in z’n genenpakket. Als een hond lijder blijkt van een bepaalde erfelijke ziekte zal Embark de eigenaar hiervan op de hoogte stellen per e-mail met de benodigde informatie; hoe vererft het? Wat betekent het voor mijn hond en wat kan ik doen om het risico op ziekte te verkleinen?
Een tweede waardevolle tool van de Embark test is de categorie “inbreeding & diversity.” Er komt steeds meer aandacht voor het belang van genetische diversiteit voor rashonden. Omdat genen in paren voorkomen en de meeste erfelijke ziektes tot uiting komen als de hond twee kopieën van het gen heeft, heeft een hond met veel genetische diversiteit een verkleinde kans op erfelijke aandoeningen. Hij kan bijvoorbeeld wel een gen van een aandoening bij zich dragen, maar zal er bij een autosomaal recessieve vererving zelf niet ziek van worden. Tegelijkertijd worden rashonden opgebouwd uit een kleine selectie grondleggers waardoor de diversiteit maar beperkt is. De Embark test brengt in kaart hoe genetisch divers je hond nu precies is. Het hele genoom wordt uitgetekend, met de “ingeteelde gebieden” in kleur aangegeven. Zodra er meer fokdieren getest worden via Embark geeft dit nog een extra mogelijkheid: als zowel de reu als teef getest zijn, kan worden berekend op welke gebieden en in welke mate de nakomelingen genetisch divers zullen zijn. Dit geeft fokkers voor het eerst de mogelijkheid om doelgericht te fokken voor behoud van de genetische diversiteit die er is in het ras.
Het COI (inteeltpercentage) wordt door Embark berekend op DNA-niveau. De meeste fokkers zijn wel bekend met het COI van hun nesten op papier, maar hier zitten een aantal nadelen aan: ten eerste wordt het COI meestal standaard berekend over 6 generaties. Alle inteelt die voor die 6 generaties is voorgekomen wordt niet meegenomen in de berekening, waardoor een onvolledig beeld ontstaat. Voor het ware getal moet het COI worden berekend over alle generaties. Een ander nadeel van de traditionele COI-berekening is dat het gebeurt op basis van informatie op papier. Fouten in de stamboom of gesjoemel met namen in het verleden zorgen daarom voor een berekening die niet klopt. Door via Embark te testen wordt het ware COI bekend, zonder misvattingen door fouten in een stamboom of database. Dit vertelt de eigenaar niet alleen het inteeltpercentage van de hond, maar zet deze ook af tegen het rasgemiddelde en het gemiddelde van alle rashonden.
Hoe werkt testen?
Het handige van de Embark test is dat alle bovenstaande gegevens worden verzameld door middel van slechts één DNA swab.
Via www.embarkvet.com kan de test worden besteld, voor fokdieren is de “Embark for breeders” testkit de juiste keuze. De kit bevat één swab om het DNA zelf mee af te nemen, een instructie over hoe je dit kan doen en de benodigde informatie om de test aan een hond te koppelen. De DNA swab stuur je vervolgens terug naar het laboratorium in Amerika terwijl je de testkit activeert. Binnen een aantal weken zal Embark je laten weten dat je verzending is aangekomen bij hun laboratorium, dat het verwerken is begonnen en uiteindelijk dat de testuitslagen bekend zijn. Deze zijn te bekijken via je eigen Embark account. Vanaf hier kies je zelf welke gegevens van je hond openbaar zijn en dus gedeeld kunnen worden met andere hondenliefhebbers en fokkers. Per categorie (gezondheid, ras en eigenschappen) kunnen de gegevens op de Embark website openbaar worden gemaakt of privé gehouden. Een uitdraai van de ras specifieke tests die in de Embark test zitten kan naar de rasvereniging worden gestuurd. De standaardprijs voor één test is 179 Amerikaanse dollar, maar Embark heeft regelmatig kortingen. Ook worden er met enige regelmaat vanuit Nederland bulk bestellingen geplaatst met groepskortingen. Hiervoor is de Facebookgroep “Embark rashonden groep” een goed startpunt.
Marjoleine Roosendaal
Genetica/ studie 2018. Lee USA.
zie Embark test, Stabij populatie.
uitslagen geteste Friese
Stabijhounen via Embark test 2018: 100 stabijtjes.
zie Embark test, Stabij populatie.
uitslagen geteste Friese
Stabijhounen via Embark test 2018: 100 stabijtjes.
inteelt Stabijhoun
Tegenwoordig zijn de meeste stamboeken gesloten, dus er komt geen nieuw materiaal in het ras. Alles wat we kunnen doen is gebruik maken van de genenpool die we al hebben, die afkomstig is van de oorspronkelijke vijf grondleggende honden in ons geval. Dus alle stamhoofden die vandaag nog leven (dat weten we) zijn afstammelingen van deze 5 honden!
*Hoe helpt Genotype?
Genotype kan de kwaliteit van het volgende nest helpen verbeteren, maar het verminderen van de incidentie van genetische afwijkingen in een ras vereist passend genetisch beheer van de gehele populatie. Dit vereist fokstrategieën die de snelheid van inteelt en verlies van genetische diversiteit zullen beperken. Als fokkers het grotere plaatje niet in de gaten houden, kunnen fokkers door deze tests zelfs nog selectiever zijn in hun fokkeuzes, met nadelige gevolgen op de lange termijn.
Genetisch management op genetisch niveau is essentieel om de gezondheid van de genenpool op de lange termijn te behouden. Door samen te werken, kunnen we het ras gezonder maken en door de stamboeken te openen ...
Tegenwoordig zijn de meeste stamboeken gesloten, dus er komt geen nieuw materiaal in het ras. Alles wat we kunnen doen is gebruik maken van de genenpool die we al hebben, die afkomstig is van de oorspronkelijke vijf grondleggende honden in ons geval. Dus alle stamhoofden die vandaag nog leven (dat weten we) zijn afstammelingen van deze 5 honden!
*Hoe helpt Genotype?
Genotype kan de kwaliteit van het volgende nest helpen verbeteren, maar het verminderen van de incidentie van genetische afwijkingen in een ras vereist passend genetisch beheer van de gehele populatie. Dit vereist fokstrategieën die de snelheid van inteelt en verlies van genetische diversiteit zullen beperken. Als fokkers het grotere plaatje niet in de gaten houden, kunnen fokkers door deze tests zelfs nog selectiever zijn in hun fokkeuzes, met nadelige gevolgen op de lange termijn.
Genetisch management op genetisch niveau is essentieel om de gezondheid van de genenpool op de lange termijn te behouden. Door samen te werken, kunnen we het ras gezonder maken en door de stamboeken te openen ...
De ziekte van von Willebrand (VWD) is de meest voorkomende erfelijke bloedingsziekte is al lang een bekend genetisch probleem in ons ras en toch. . . Het is niet iets dat we in ons selectieproces bekijken. Waarom? Hoewel het veel voorkomt in het ras, is het zelden van klinisch belang geweest en we kunnen het ons niet veroorloven elke "aangedane" hond of "dragers" op te geven. Toch is het iets waar we ons van bewust moeten zijn als we verdergaan in het geval het meer klinisch wordt.
19,2% duidelijk
55,0 % carrier
25,8 % homozygote
Met deze percentages in de populaties is de balans van het gemuteerde allel tot het normale allel ongeveer 50/50.
*Behoud de diversiteit van vader en moederlijn
Een vaak over het hoofd gezien maar eenvoudig concept is ervoor te zorgen dat er een balans en continuïteit is in de mitochondriale DNA-diversiteit en de diversiteit van het Y-Haplotype.
Net als bij het behoud van de individuele diversiteit, moeten we ernaar streven de Mitochondriale en Y Haplotypes divers en sterk te houden! In het ideale geval zou elk van de haplotypes ongeveer gelijke aandelen in de populatie zijn.
19,2% duidelijk
55,0 % carrier
25,8 % homozygote
Met deze percentages in de populaties is de balans van het gemuteerde allel tot het normale allel ongeveer 50/50.
*Behoud de diversiteit van vader en moederlijn
Een vaak over het hoofd gezien maar eenvoudig concept is ervoor te zorgen dat er een balans en continuïteit is in de mitochondriale DNA-diversiteit en de diversiteit van het Y-Haplotype.
Net als bij het behoud van de individuele diversiteit, moeten we ernaar streven de Mitochondriale en Y Haplotypes divers en sterk te houden! In het ideale geval zou elk van de haplotypes ongeveer gelijke aandelen in de populatie zijn.
* Doelgerichte Linebreeding?
STEL ons voor dat elk van onze landen een afzonderlijke populatie is die net iets anders wordt gefokt dan elk van de andere landen. Hoewel onze oprichters allemaal dezelfde lijnen hebben, hebben we er elk op een andere manier "gefokt" in het deel van de cirkels dat niet met elkaar overlapt. Dit creëert een uniek materiaal dat we later zouden kunnen gebruiken om wat nieuwe diversiteit in te blazen.
Of dat genoeg zal zijn om het ras te redden, moet nog gezien worden.
STEL ons voor dat elk van onze landen een afzonderlijke populatie is die net iets anders wordt gefokt dan elk van de andere landen. Hoewel onze oprichters allemaal dezelfde lijnen hebben, hebben we er elk op een andere manier "gefokt" in het deel van de cirkels dat niet met elkaar overlapt. Dit creëert een uniek materiaal dat we later zouden kunnen gebruiken om wat nieuwe diversiteit in te blazen.
Of dat genoeg zal zijn om het ras te redden, moet nog gezien worden.
EMBARK DNA-ANALYSE
Tot op heden zijn ~ 160 Stabys wereldwijd getest.
Voorlopige resultaten bij de eerste honden hebben laten zien hoeveel we van DNA-analyse kunnen leren.
Waarom EMBARK?
De eigenaars kunnen de onbewerkte gegevens downloaden en openen, deze gegevens kunnen vervolgens worden gedeeld met genetici, wetenschappers en rasorganisaties.
Tot op heden zijn ~ 160 Stabys wereldwijd getest.
Voorlopige resultaten bij de eerste honden hebben laten zien hoeveel we van DNA-analyse kunnen leren.
Waarom EMBARK?
De eigenaars kunnen de onbewerkte gegevens downloaden en openen, deze gegevens kunnen vervolgens worden gedeeld met genetici, wetenschappers en rasorganisaties.
